商品有機肥和糞肥同樣能夠補充有機質(zhì)，促進(jìn)團粒結(jié)構(gòu)的形成。但從綠色健康可持續(xù)發(fā)展方面來講，商品有機肥更有優(yōu)勢。這是因為商品有機肥與糞肥有很多不同之處。
首先，商品有機肥比糞肥“無害”。 兩種肥料的區(qū)別重點在于“腐熟”和“無害”。與商品有機肥相比，糞肥存在許多缺陷：
一是含鹽分較多，容易使土壤鹽化。
二是糞肥帶有大量的病菌、蟲卵，最易引發(fā)棚室內(nèi)的病蟲害;
三是糞肥養(yǎng)分含量不穩(wěn)定，不能做到合理補肥。
四是糞肥內(nèi)若含有害物質(zhì)、重金屬物質(zhì)時，僅憑借高溫發(fā)酵不能去除。
畜禽糞便對土壤既有有利的一面，也有不利的一面，兩個方面在一定條件下能夠相互轉(zhuǎn)化。畜禽糞便的有利一面在于：能夠作為肥料施用于農(nóng)田培肥土壤;經(jīng)常施用糞肥也能提高土壤抗風(fēng)化和水侵蝕的能力，改變土壤的通氣和耕作條件，增加土壤有機質(zhì)和有益微生物的生長。
不利的方面在于：過度使用未經(jīng)無害化處理的糞便會危害農(nóng)作物、土壤、地表水和地下水水質(zhì)。在某些情況下(通常是新鮮糞便)有燒苗現(xiàn)象;大量使用糞便也能引起土壤中溶解鹽的積累，使土壤鹽分增高，植物生長受影響。